El Centro del Agua cuenta con tres áreas principales en investigación: Procesos y Gestión Hídrica Análisis, Calidad y Tratamiento Geoprocesos Ambientales Entre los principales objetivos se encuentran los siguientes: Generar conocimiento científico para la gestión sostenible y el uso de los recursos hídricos en América Latina y el Caribe. Realizar investigación y desarrollo promoviendo la innovación científica y tecnológica. Promover la divulgación científica. Formar recursos humanos de alta especialización a nivel posgrado.